Die Vollversammlung besteht aus stimmberechtigten Delegierten. Mit beratender Stimme wirken die Referent*innen des Landesjugendpfarramtes und die Mandatsträger*innen mit, die die ejo z.B. in den Gremien der aej oder der aejn vertreten. Die Vollversammlung berät und entscheidet z.B. über Grundsatzfragen der Arbeit mit Kindern, Jugendlichen und jungen Erwachsenen und über inhaltliche Schwerpunktsetzungen.

Der Vorstand wird jeweils für zwei Jahre gewählt. Er sorgt für die Vor-und Nachbereitung der Vollversammlungen und vertritt die ejo zwischen den Vollversammlungen gegenüber kirchlichen und nichtkirchlichen Stellen.